Crkva Svetog Ilije podignuta je 1889. godine na mestu starije kamene crkve iz srednjeg veka. Crkvu je projektovao arhitekta Svetozar Ivačković. Građena je u nacionalnom stilu na uzvišenju iznad Svetoilijskog groblja. Osnova crkve je u vidu slobodnog krsta sa kupolom nad centrom krsta. Prema priči starih Leskovčana ova bogomolja je izgrađena zahvaljujući baba Stanojki, ženi koja je 1860. godine usnila da se na mestu današnje crkve nalaze ostaci stare kamene crkve posvećene Svetom Iliji. Jednog dana odlučila je proveri svoj san i počela ja da kopa na mestu koje joj se ukazalo u snu. Ubrzo su iz zemlje počele da izlaze kamene ploče a za njima i deo crkvenog prestola ukrašenog krstićima.
Otkriće baba Stanojke se brzo raščulo po Leskovcu i dovelo je do različite reakcije srpke raje i turskih gospodara. Srbi naročito bolesnici, počeli su da posećuju ovo mesto verujući u njegovu svetost, dok su Turci zabranili dalji rad baba Stanojki. Hrabra starica je ignorisala zabranu Turaka pa je na mestu nekadašnje crkve podigla malu kolibu od dasaka. Turci, uvidevši da će ako oteraju baba Stanojku izazvati nezadovoljstvo među Srbima ostavili su je na miru. Oslobođenje Leskovca 1877. godine baba Stanojki nije odagnalo teškoće i nevolje. Nova srpska vlast, podržana crkvom, više puta je intervenisala da se kapela od dasaka sruši.
Baba Stanojka je odgovorila na to prodajom njive i gradnjom kapele od cigle. Ovo je izazvalo veliko nezadovoljstvo kod leskovačkog popa Mitra koji je zajedno sa sinom Trajkom došao da sruši novu kapelu. U trenutku kada se Trajko popeo na krov i posegnuo za ćeremidom, njegove ruke su se ugrčile. Baba Stojanka je onda rekla: „Trajko moli boga i Svetog Iliju da ti oprostiv“. Trajko se uplašio, pomolio i otišao kući zdrav. Ista stvar se desila i sa žandarmom koji je došao sa sreskim načelnikom i počeo da ruši crkvu. Opština više nije pokušala da ruši malu kapelu, ali su teškoće i proganjanje baba Stojanke potrajali do 1884. godine kada su leskovčaki gradski i crkveni oci uvideli da je ovo mesto veoma popularno u narodu, tako da su iste godine počeli da zidaju crkvu. Crkva je završena i osvećena 21. maja 1889. godine.
